Tanto la producción orgánica como la agroecológica plantean una producción libre de sustancias químicas y un uso responsable de los recursos del ambiente. La gran diferencia radica en las garantías que se tienen de esos procesos:

La producción orgánica cuenta con procesos de certificación nacionales e internacionales que permiten garantizar la Calidad Orgánica de un producto, verificando el cumplimiento de la Norma de Producción Orgánica que corresponda, según el mercado destino de dicho producto.

Básicamente la producción orgánica ha sistematizado y certificado los procesos técnicos agronómicos que se deben seguir para poder garantizar una producción más ecológica. Sin embargo, estos procesos de certificación orgánica suelen ser costosos y complejos de afrontar para productores pequeños.

Por su parte, la producción agroecológica, asume la práctica biológica e incorpora además un enfoque que considera no sólo el aspecto técnico, sino también el socio-económico, el político y el medioambiental.

Uno de los principios sobre los que se basa la agroecología, es el de Economía Social, una disciplina que promueve el asociativismo, el trabajo cooperativo y el desarrollo sostenible, poniendo especial énfasis en la persona y el objeto social por sobre el capital.